Sistem presidensial tidak mengenal adanya lembaga pemegang supremasi tertinggi. Kedaulatan negara dipisahkan (separation of power) menjadi tiga cabang kekuasaan, yakni legislatif, eksekutif, dan yudikatif, yang secara ideal diformulasikan sebagai ”Trias Politica” oleh Montesquieu. Presiden dan wakil presiden dipilih langsung oleh rakyat untuk masa kerja yang lamanya ditentukan konstitusi. Konsentrasi kekuasaan ada pada presiden sebagai kepala negara dan kepala pemerintahan. Dalam sistem presidensial para menteri adalah pembantu presiden yang diangkat dan bertanggung jawab kepada presiden.

Bentuk MPR sebagai majelis permusyawaratan-perwakilan dipandang lebih sesuai dengan corak hidup kekeluargaan bangsa Indonesia dan lebih menjamin pelaksanaan demokrasi politik dan ekonomi untuk terciptanya keadilan sosial,dan sebagai ciri demokrasi Indonesia. Dalam struktur pemerintahan negara, MPR berkedudukan sebagai supreme power dan penyelenggara negara yang tertinggi. DPR adalah bagian dari MPR yang berfungsi sebagai legislatif councils atau assembly. Presiden menjalankan tugas MPR sebagai kekuasaan eksekutif tertinggi, sebagai mandataris MPR.
Sebagai penjelmaan rakyat dan merupakan pemegang supremasi kedaulatan, MPR adalah penyelenggara pemerintahan negara tertinggi, “pemegang” kekuasaan eksekutif dan legislatif. DPR adalah bagian MPR yang menjalankan kekuasaan legislatif, sedangkan presiden adalah mandataris yang bertugas menjalankan kekuasaan eksekutif. Bersama-sama, DPR dan presiden menyusun undang-undang. DPR dan presiden tidak dapat saling menjatuhkan seperti pada sistem parlementer maupun presidensial.
Sistem presidensial dipandang mampu menciptakan pemerintahan negara berasaskan kekeluargaan dengan stabilitas dan efektifitas yang tinggi. Sehingga para anggota legislatif bisa lebih independent dalam membuat UU karena tidak khawatir dengan jatuh bangunnya pemerintahan.

Sistem presidensial mempunyai kelebihan dalam stabilitas pemerintahan, demokrasi yang lebih besar dan pemerintahan yang lebih terbatas. Adapun kekurangannya, kemandekan (deadlock) eksekutif-legislatif, kekakuan temporal, dan pemerintahan yang lebih eksklusif.

Secara konstitusional, DPR mempunyai peranan untuk menyusun APBN, mengontrol jalannya pemerintahan, membuat undang-undang dan peranan lain seperti penetapan pejabat dan duta. Presiden tak lagi bertanggung jawab pada DPR karena ia dipilih langsung oleh rakyat. DPR tak akan mudah melakukan impeachment lagi karena ada lembaga pengadil yakni Mahkamah Konstitusi. Meskipun peranannya telah mengecil, DPR dengan kekuatan politik yang menyebar berpotensi untuk terus mengganggu dan mengganggu eksekutif. Dengan perilaku politik yang tak banyak berubah, DPR masih punya peluang untuk mengganjal kebijakan presiden dalam menentukan alokasi budget, DPR masih bisa bermanuver untuk membentuk pansus atau panja, DPR bisa mengajukan undang-undang yang mungkin tak sejalan dengan kebijakan presiden. Disinilah deadlock bisa terjadi. Konstitusi RI jelas telah menetapkan sistem pemerintahan presidensial. Pemerintahan presidensial mengandalkan pada individualitas yang mengarah pada citizenship. Sistem pemerintahan presidensial bertahan pada citizenship yang bisa menghadapi kesewenang-wenangan kekuasaan dan juga kemampuan DPR untuk memerankan diri memformulasikan aturan main dan memastikan janji presiden berjalan.

Pemerintahan presidensial memang membutuhkan dukungan riil dari rakyat yang akan menyerahkan mandatnya kepada capres. Namun, rakyat tak bisa menyerahkan begitu saja mandatnya tanpa tahu apa yang akan dilakukan capres.
Adapun hal-hal yang harus lebih diperhatikan dalam penyelenggaraan system pemerintahan presidential diIndonesia adalah:

1). Bahwasanya tujuan Negara dapat diwujudkan apabila pembagian kekuasaan Negara dilakukan secara berimbang dan saling mengawasi (chek and balances) diantara legislatif, eksekutif, dan yudikatif, Daerah otonom, dan lembaga Negara berposisi independent lainnya.
2). Untuk menjamin keterwakilan penduduk dan keterwakilan daerah secara adil dan efektif dalam pembuatan keputusan politik, maka kekuasaan legislatif diselenggarakan oleh dua lembaga perwakilan yang memiliki kedudukan setara (bicameral). Sehingga memberi perasaan keterikatan emosional kepada pemerintah.
3). Untuk menjamin stabilitas dan kapabilitas pemerintahan, maka kekuasaan eksekutif diselenggarakan mengikuti bentuk pemerintahan presidensial yang berarti presiden dan wakilpresidendipilihlangsungolehrakyat.

4). Revitalisasi lembaga perwakilan dalam pelaksanaan fungsi legislasi dan anggaran daripada pelaksanaan fungsi pengawasan, sedangkan lembaga eksekutif akan lebih menonjol dalam pelaksanaan fungsi administrasi pemerintahan daripada legislasi dan anggaran.
5). Dalam menjamin kepastian hukum dan keadilan sosial pada suatu pihak maka kekuasaan yudikatif diselenggarakan oleh dua mahkamah yang secara fungsional dan personil berbeda walaupun dalam sekretariat yang sama. Mahkamah Agung menjamin kepastian hukum dan keadilan, sedangkan Mahkamah Konstitusi menjamin tertib hukum dalam arti mencegah kebuntuan konstitusional, dan menyelesaikan persengketaan perundang-undangan.
6). Demi kesejahteraan warga daerah yang adil dan merata, demokrasi pemerintahan lokal, dan demi integrasi nasional, maka daerah otonom diberi kewenangan yang sangat luasdalamrangkaNegarakesatuan.

7). Saling mengecek diantara penyelenggara kekuasaan Negara dalam bentuk :
a. Pembuatan undang-undang yang memerlukan persetujuan DPR, DPD dan Presiden yangmasing-masingmemilikikewenanganveto.

b. Pengawasan dan pendakwaan (impeachment) oleh lembaga legislative terhadap Presiden.
c. Judicial review oleh Mahkamah Konstitusi terhadap UU dan produk dibawahnya.
d. Pemerintah pusat dapat membatalkan keputusan daerah otonom bila tidak sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang lebih tinggi tetapi daerah otonom dapat mengajukan gugatan terhadap keputusan pusat tersebut kepada Mahkamah Konstitusi.
e. Pengangkatan mentri memerlukan pertimbangan DPR.

8). Kekuasaan Negara yang dibagi secara berimbang dan saling mengecek sebagian berasal dari rakyat melalui pemilihan umum, yakni kekuasaan legislatif dan ekekutif baik tingkat nasional maupun daerah otonom, dan melalui referendum apabila hendak mengadakan perubahan UUD, sedangkan sebagian secara tidak langsung melalui kekuasaan legislative dan eksekutif, yaitu kekuasaan yudikatif.

Sistem Pemerintahan Indonesia :

• Pelaksanaan Sistem Pemerintahan Negara Indonesia

1. Tahun 1945 – 1949 Terjadi penyimpangan dari ketentuan UUD ’45 antara lain:

1. 1. Berubah fungsi komite nasional Indonesia pusat dari pembantu presiden menjadi badan yang diserahi kekuasaan legislatif dan ikut menetapkan GBHN yang merupakan wewenang MPR.
   2. Terjadinya perubahan sistem kabinet presidensial menjadi kabinet parlementer berdasarkan usul BP – KNIP.

1. Tahun 1949 – 1950

Didasarkan pada konstitusi RIS. Pemerintahan yang diterapkan saat itu adalah system parlementer cabinet semu (Quasy Parlementary). Sistem Pemerintahan yang dianut pada masa konstitusi RIS bukan cabinet parlementer murni karena dalam system parlementer murni, parlemen mempunyai kedudukan yang sangat menentukan terhadap kekuasaan pemerintah.

1. Tahun 1950 – 1959

Landasannya adalah UUD ’50 pengganti konstitusi RIS ’49. Sistem Pemerintahan yang dianut adalah parlementer cabinet dengan demokrasi liberal yang masih bersifat semu. Ciri-ciri:

1. 1. presiden dan wakil presiden tidak dapat diganggu gugat.
   2. Menteri bertanggung jawab atas kebijakan pemerintahan.
   3. Presiden berhak membubarkan DPR.
   4. Perdana Menteri diangkat oleh Presiden.

1. Tahun 1959 – 1966 (Demokrasi Terpimpin)

Presiden mempunyai kekuasaan mutlak dan dijadikannya alat untuk melenyapkan kekuasaan-kekuasaan yang menghalanginya sehingga nasib parpol ditentukan oleh presiden (10 parpol yang diakui). Tidak ada kebebasan mengeluarkan pendapat.

1. Tahun 1966 – 1998

Orde baru pimpinan Soeharto lahir dengan tekad untuk melakukan koreksi terpimpin pada era orde lama. Namun lama kelamaan banyak terjadi penyimpangan-penyimpangan. Soeharto mundur pada 21 Mei ’98.

1. Tahun 1998 – Sekarang (Reformasi)

Pelaksanaan demokrasi pancasila pada era reformasi telah banyak memberikan ruang gerak pada parpol maupun DPR untuk mengawasi pemerintah secara kritis dan dibenarkan untuk unjuk rasa.

• Sistem Pemerintahan menurut UUD ’45 sebelum diamandemen:

1. Kekuasaan tertinggi diberikan rakyat kepada MPR.

2. DPR sebagai pembuat UU.

3. Presiden sebagai penyelenggara pemerintahan.

4. DPA sebagai pemberi saran kepada pemerintahan.

5. MA sebagai lembaga pengadilan dan penguji aturan.

6. BPK pengaudit keuangan.

• Sistem Pemerintahan setelah amandemen (1999 – 2002)

1. MPR bukan lembaga tertinggi lagi.

2. Komposisi MPR terdiri atas seluruh anggota DPR ditambah DPD yang dipilih oleh rakyat.

3. Presiden dan wakil Presiden dipilih langsung oleh rakyat.

4. Presiden tidak dapat membubarkan DPR.

5. Kekuasaan Legislatif lebih dominan.

• Perbandingan SisPem Indonesia dengan SisPem Negara Lain

Berdasarkan penjelasan UUD ’45, Indonesia menganut sistem Presidensia. Tapi dalam praktiknya banyak elemen-elemen Sistem Pemerintahan Parlementer. Jadi dapat dikatakan Sistem Pemerintahan Indonesia adalah perpaduan antara Presidensial dan Parlementer.

• Kelebihan Sistem Pemerintahan Indonesia

1. Presiden dan menteri selama masa jabatannya tidak dapat dijatuhkan DPR.

2.Pemerintah punya waktu untuk menjalankan programnya dengan tidak dibayangi krisis kabinet.

3. Presiden tidak dapat memberlakukan dan atau membubarkan DPR.

• Kelemahan Sistem Pemerintahan Indonesia

1.Ada kecenderungan terlalu kuatnya otoritas dan konsentrasi kekuasaan di tangan Presiden.

2. Sering terjadinya pergantian para pejabat karena adanya hak perogatif presiden.

3. Pengawasan rakyat terhadap pemerintah kurang berpengaruh.

4. Pengaruh rakyat terhadap kebijaksanaan politik kurang mendapat perhatian.

• Perbedaan Sistem Pemerintahan Indonesia dan Sistem Pemerintahan Malaysia

1. Badan Eksekutif

a. Badan Eksekutif Malaysia terletak pada Perdana Menteri sebagai penggerak pemerintahan negara.

b. Badan Eksekutif Indonesia terletak pada Presiden yang mempunyai 2 kedudukan sebagai kepala negara dan kepala pemerintahan.

1. Badan Legislatif

a. Di Malaysia ada 2 Dewan Utama dalam badan perundangan yaitu Dewan Negara dan Dewan Rakyat yang perannyan membuat undang-undang.

b. Di Indonesia berada di tangan DPR yang perannya membuat undang-undang dengan persetujuan Presiden